A PTE számos regionális és nemzetközi szervezetben rendelkezik tagsággal. Az alábbiakban ezekkel a szervezetekkel ismerkedhetnek meg az érdeklődők.
A Nemzetközi kapcsolatok Osztályán működik az AUDEM egyetemi szövetség európai irodája. A szövetség elsősorban amerikai és közép-kelet európai egyetemeket tömörít és fő célja az egyetemek szerepvállalásának erősítése a közép és kelet európai régiókban a demokratikus átalakulást követően. Az Európai Iroda a szövetség fő információs központja és állandó szervezője az évenként más-más országban megrendezésre kerülő AUDEM Éves Konferenciának
A független felsőoktatási intézményeket tömörítő non-profit szövetséget 1994-ben hozták létre Santiago de Compostelában.
http://www2.usc.es/gcompostela/en/index.html
Az Európai Kulturális Fővárosok Egyetemi Szövetsége (University Network of the European Capitals of Culture) a Pécsi Tudományegyetem kezdeményezésére alakult meg 2005-ben. Jelenleg a szervezetnek közel 50 tagegyeteme van, melyek mind Európai Kulturális Fővárosokban találhatóak. A szervezet célja elmélyíteni a tagegyetemek között az oktatási-kutatási együttműködést.
A Dunai Rektorok Konferenciáját, három ország (Németország, Ausztria, Magyarország) négy egyeteme (Ulm, Linz, Bécs, Budapest) alapította 1983-ban. A tagság azóta kibővült, jelenleg a Duna-menti országok 44 egyeteme tagja a konferenciának. Fő célkitűzés a felsőoktatás fejlesztése az oktatás és kutatás terén a régió országaiban, két- és többoldalú együttműködések létrehozásával.
Az EAIE non-profit szervezet célja az európai felsőoktatási intézmények "nemzetközivé válásának"(internnacionalizálódásának) elősegítése, valamint a külügyi adminisztrációban dolgozók tudásának kiszélesítése a nemzetközi felsőoktatás területén.
Az EUA (Európai Egyetemi Szövetség), két szervezet egyesítésével (CRE-Association of European Universities és a Confederation of EU Rectors' Conferences) jött létre, alkuló gyűlésüket a Salamancai Egyetemen tartották.
Az EUA az európai egyetemek és a nemzeti rektori konferenciák reprezentatív szervezeteként, az európai felsőoktatási közösség fő szócsöve.
Az Alpok-Adria Munkaközösség 1978. november 20-án alakult Velencében.
Az Alpok-Adria Munkaközösség Rektori Konferenciája melyet 1979-ben a grazi tudományegyetem akkori rektora, Dr. Anton Kolb alapított, összefogja az Alpok-Adria Munkaközösség térségében működő egyetemek és főiskolák rektorait és elnökeit.
A jelenleg 48 intézményt magában foglaló Rektori Konferencia célja az egyetemek és főiskolák közötti együttműködés elősegítése és a jövőbe mutató, széleskörű, tudományos és művészeti kooperáció adta lehetőségek kihasználása.
