A CEEPUS programban atematikus hálózatok keretében részt vevő országok (Albánia, Bosznia-Hercegovina és Macedónia) akkreditált felsőoktatási intézményei közvetetten, speciális hálózatokon keresztül csatlakozhatnak a hálózati együttműködésekhez. A 2005/2006-os tanévtől kezdődően Szerbia és Montenegró már nem a Tematikus hálózatok keretében vesz részt a programban, hanem tizedik CEEPUS tagországként, a normál mobilitási szabályok szerint kapcsolódik be az együttműködésekbe. A 2005. márciusi Miniszteri Konferencia döntése alapján Albánia és Macedónia a 2006/2007-es tanévtől csatlakozott a CEEPUS programhoz.
